TychoGold: Ich bin der Meinung das das hier sehr gut reinpasst, denn der TE hat ein besonderes Problem welches offenbar nicht durch einfache Fehlbedienung zustande kommt. Der Batterietausch wird nicht helfen, denn der ZV-Empfänger ignoriert seine Signale einfach und das eher nicht aufgrund mangelnder Senderstärke. Sonst würde der Schlüssel dieses Problem dauerhaft haben und mal gehen und mal nicht. Er sagt aber klar, das der zweite Schlüssel solange problemlos klappt bis der Wagen in die Tiefschlafphase geht. Also muss es etwas sein was zur "Laufzeit" anders behandelt wird, beim Deepsleep verloren geht und dadurch nach dem Wakeup nicht mehr da ist. Klingt irgendwie nach RAM 
Also ich erinner mich nicht mehr so ganz genau, aber vor Jahren hab ich mich mit dem Schlüsselsystem mal beschäftigt und hoffe ich bekomm das noch halbwegs richtig zusammen...
Ich meine das da keine Zeitkomponente á la AES/DES im Spiel war. Die dient bei den klassischen Cryptoverfahren ja ausschließlich zum Schutz gegen Replay-Attacken. Das Funkschlüsselsystem schützt sich dagegen mit einem Rolling-Code Verfahren, bei dem ein quasi für Sender und Empfänger vorhersagbarer Code gesendet wird. Dieser stammt aus einer Art Codetabelle, aus der sich der Sender per Pseudo-Zufallsgenerator einen aussucht. Der Pseudo-Zufallsgenerator wiederum wird von einem Zähler angesteuert. Er sendet dann neben der Funktion (Auf/Zu/Wasauchimmer) eben diesen Code mit. Bei jedem betätigen der ZV wird der Zählerstand erhöht und der nächste Code verwendet. Kombinationsmöglichkeiten soll es mehrere Milliarden geben. In der ZV gibt es das gleiche System, mit dem gleichen Zählerstand. Sender und Empfänger sind in Sync und die ZV erkennt den empfangenen Code als valide und führt die gesendete Funktion aus.
Drückt man die FB ausser Reichweite des Empfängers sind beide Zähler nicht mehr in Sync, die FB eil voraus. Das korrigiert der Empfänger, innerhalb einer gewissen Toleranz, indem er die nächsten X Zählerstände durchprobiert. Passt einer, haben beide wieder denselben Zählerstand. Spielt man zu oft an der FB rum (z.B. einer der lieben Kleinen
dann kann es passieren das der Empfänger nicht mehr nachsynchronisieren kann und der Schlüssel dauerhaft nicht mehr erkannt wird. Man muss ihn neu anlernen.
Anlernen bedeutet also in erster Linie das abgleichen des Zählerstandes an eine bestimmte Position. Und da wirds jetzt interessant!
Wenn man über den normalen Weg einen Schlüssel anlernt, nennen wir ihn den "Sekundären", benötigt man ja immer auch den "Primären". Ich glaube es war sogar so das man einen Sekundären immer nur mit einem Primären anlernen kann und nicht umgekehrt... egal. Jedenfalls sind bei dem Sync-Verfahren beide Schlüssel im Spiel. Das Ziel ist den Zählerstand bei beiden synchron zu halten und den Primären als eine Art "Trust" zu haben, ähnlich wie bei Zertifaktsverfahren. Dennoch kann die ZV beide Schlüssel auseinanderhalten, da jeder sowas wie eine MAC-Adresse hat. Es gibt also sicher wenigstens zwei Schlüsselspeicher im ZV-System (eher mehr). Die ZV deaktiviert ja z.B. einen Schlüssel der im Fahrzeug liegt (wird durch die innenliegende ZV-Antenne erkannt (hinterm Aschenbecher) wenn man von aussen mit einem anderen absperrt. Deaktivieren heisst eigentlich nur, das die ZV die Sendungen des Schlüssels zwar erkennt aber einfach die Funktion nicht ausführt bis der Schlüssel mit dem abgesperrt wurde wieder zum Einsatz kommt. So bleiben Sender und Empfänger dennoch in Sync.
Für den TE wichtig wäre noch zu wissen welcher der beiden Schlüssel die er nutzt der Primäre ist. Bis jetzt gehe ich aber davon aus das der funktionierende das ist. Zudem müsste er uns bitte nochmal ganz detailliert beschreiben WIE er das mit den Schlüsseln handhabt. Welcher befindet sich zu welchem Zeitpunkt wo? Also ein genaues Test-Setup.
Womöglich (und jetzt geht natürlich die Spekulation los) und wenn meine o.g. Theorie stimmt, ist der Sekundäre Schlüssel völlig ok und die ZV aktiviert diesen nach Nutzung des Primären. So wäre erklärbar warum es danach per Magie funktioniert. Dabei müsste sich der Sekundäre natürlich ebenfalls ausserhalb vom Fahrzeug befinden. Und danach kommt es eben drauf an wie sich der TE nun verhält. Nimmt er beide Schlüssel mit ins Fahrzeug, oder wie geht es dann weiter?