Wenn Du auf den Keyless-Knopf drückst, werden zwei Vorgänge gleichzeitig ausgelöst, deren Abläufe ziemlich komplex sind:
1. Keyless-Schlüsselerkennung und wenn positiv Zündung einschalten
2. PATS-Codeerkennung und wenn positiv Motor anlassen
"Chef im Ring" ist im Normalfall das Keyless-Modul. Dieses kommuniziert über beide CAN-Busse mit dem BCM, dem Kombiinstrument und dem Motorsteuergerät. Wenn der Schlüssel im Notschacht steckt, bleibt das Keyless-Modul außen vor als wär's nicht da und die Hauptarbeit liegt beim BCM. Bleibt aber immernoch die Kommunikation zum IC und zum PCM.
Jedes der genannten Module kennt mehrere Betriebs-Modi. Ich vermute mal, dass beim ersten Startversuch (evt. durch eine gestörte Buskommunikation) nicht alle Module in den korrekten neuen Betriebsstatus gewechselt sind. Der eine sagt, "Fahrzeug ist an", der andere sagt "Nö, isses ned, deshalb kannste auch ned abschalten". Sowas kann vorkommen, aber mit dem Schlüssel bzw. der Batterie hat das nix zu tun. Sonst hättest Du "Bitte Batterie wechseln" bekommen.
Das Abklemmen der Batterie hat alles zurückgesetzt und das Fahrzeug beginnt dann wieder von vorne.